قال فيه ملك المغرب الحسن الثاني: "لم تفقد العائلة الكتانية الشيخ الباقر وحدها، بل فقدناه نحن، وفقده جميع العلماء، والمغرب كله، ورجال الفكر قاطبة".
وقال عنه الزعيم المجاهد محمد بن عبد الكريم الخطابي في رسالة تعزية: "فقيدنا العزيز، فقيد المغرب العربي والعالم الإسلامي، العالم العلامة الصالح، المؤمن العارف بالله، سليل الدوحة العلوية الطاهرة...فقدناه في هذا الوقت ونحن أحوج ما نكون إلى علمه الغزير، وكريم خلقه وفضله، إذ كان رضوان الله عليه من الرجال الصالحين القلائل الذين وقفوا حياتهم لإرشاد المسلمين بأمور دينهم الحنيف، واتباع كتاب الله الكريم، الذي لا يأتيه الباطل من بين يديه ولا من خلفه، وتوجيههم الوجهة الصحيحة للتمسك بالمثل الإسلامية الرفيعة التي تضيء لنا طريق الهدى والرشاد"..
"ولقد كنت أسمع عنه رحمه الله – عبر المسافات الشاسعة التي تفصل بيننا الشيء الكثير من الفضائل والمكرمات، كان يجمع بين العلم والعمل في خشية الله، وزهد في مظاهر الحياة...فكنتُ على البُعد أقدره وأُكبره، وأتوق إلى الاجتماع به في أرض الوطن الحبيب الذي يسكن حبه شغاف القلب".
وقال الإمام محمد المنتصر بالله الكتاني في رسالة بعثها لنجله العلامة عبد الرحمن الكتاني مؤرخة ب24 شعبان 1391: "أتشخص وجهه المشرق وجبينه الوضاء، ولحيته الكثة، وابتسامته المنيرة، وهو يتحدث إلي محلقا في الأجواء عن التراث الإسلامي القديم، وعن التراث المغربي، وعن التراث الأسروي، ثم هو يتحدث عن النبوة وعصرها، وعن هديها وسننها، وأنه لا يصلح آخر هذه الأمة إلا بما صلح به أولها".
"وهو تارة يتحدث عن الحديث ورجاله القدامى والمحدَثين، وعن كتبهم في المتون والأسانيد والرجال، وعن الثروة الهائلة التي خلفها السلف للخلف جيلا بعد جيل، وعصرا بعد عصر".
"وفجأة؛ وإذا هو يتحول به الحديث مداعبا بقصص عن الأدب والأدباء، ونوادرهم، وأحداثهم، حتى لكأنك مع بشار بن برد والمبرد والأصفهاني، مع مقارنات لذلك حديثة عن صاحب مات وهو يحبو للموت".
"وتتعدد المجالس لمدة تسع سنوات أقمتها معه في سلا جارا وابن عم، وصاحبا وصديقا، وتلميذا ومستفيدا، فمجلس للتصوف مع أمثال الجنيد والحافي والششتري وابن العربي، ومجلس للإسناد ورجاله وأسانيده في ذلك ورواياته، ومجلس للتاريخ الحديث وجهاد والده الإمام الشهيد قدس سره، وإمامته في الدعوة إلى الله بالتربية وحمل السلاح لطرد المستعمرين عن أطراف المغرب حتى لا يصلوا إلى داخله، وكتابه القيم عن الإمام الشهيد، ومجلس عن عرائض وكتْبِها وحشْد الأصحاب والأتباع لتوقيعها نصرة للعرب ولغة العرب، ودفاعا عن المغرب في إسلامه وعروبته وخلودهما...".
وقال فيه الشيخ العلامة المصلح محمد الإمام ابن الشيخ ماء العينين الشنقيطي في رسالة تعزية له مرسلة بتاريخ آخر شعبان عام 1384: "فقيد الإسلام والوطن والعلم والعمل، إلى ما لا ينتهي من الصفات المحمودة والخصال الشريفة التي تسير مسير الشمس، وتهب هبوب الرياح".
وقال في تأبينه: "ذلك الرجل العبقري الذي تجسدت فيه الشخصية التي عرفت كيف تسيطر على هذه الحياة، ذلك الرجل الأحوذي، نسيج وحده، الذي كأنما أفرغ في قالب من العلم والعمل والإخلاص. فإنه – رحمه الله – من الشخصيات الفذة التي يفتخر بها المغرب والإسلام والعروبة، وإننا إذ نبكيه اليوم ونذكر جزءا من فضائله ونموذجًا من شمائله؛ فسيبكيه معنا ويؤازرنا في بكائه العلم والأخلاق، والدفاع عن مقاصد الشريعة الإسلامية، وفهم معانيها الراقية، وطريقة السلف الصالح في الاتباع، السالمة من الزيغ والابتداع..".
وقال فيه مفتي رابطة علماء المغرب العلامة محمد الترغي التطواني: "ليس في دنيا الناس الآن فيما أعلم من هو على نهجه وسلوكه واستقامته، اجتمع فيه ما تفرق في غيره من المزايا والنعوت الكريمة".
وقال فيه مؤرخ الرباط وسلا العلامة عبد الله الجراري في كلمة حوله: "قد لا أغالي إن قلت: إنه الوحيد في تشخيص الحديث وتمثيله تمثيلا صادقا يجري في كمال على موجب الحقيقة التي أوحى بها النص النبوي الكريم".
وقال فيه العلامة العارف المربي الشيخ مصطفى بن حسن الجعفري الإسكندري في كتابة حوله: "رباني العصر وحافظه ومجدده؛ الإمام الشيخ محمد الباقر الكتاني، حامل لواء السنة المحمدية، وشيخ الطريقة الأحمدية الكتانية رضي الله عنه".
وقال في تأبينه علامة مراكش الشيخ الفاروقي الرحالي: "لقد كان الشيخ محمد الباقر، وهو الماجد ابن الماجد، ركنا للشريعة، وسندا للحقيقة، من ذوي العزائم الصادقة، والقلوب الحية المستفيقة، ومن أعيان العلماء الذين كانت لهم حركات إيجابية في معركة التحرير، وفي معركة الإصلاح من قبل ومن بعد. ومن الدعاة إلى الله المربين بحالهم ومقالهم، والهادين إليه بعلمهم وعملهم، كما كان – رحمه الله – حميد الخصال، كريم الفعال، مرغوبا في سمته وهديه، ومحبوبا في أهله وقومه، يعيش قريبا منهم، ويعيش غريبًا عنهم..".
وقال فيه العلامة السلفي الحسن وجاج: "المصلح الكبير، والوطني الغيور، والجندي المجهول في سبيل تحرير بلاده وأمته من ربقة الاستعمار، وذل العبودية، فقد كان دائما يرفع صوت أمته في مختلف المناسبات، ويلفت نظر المستعمرين سواء هنا في الرباط أو هناك في باريس والأمم المتحدة إلى مطالب الشعب المغربي وآماله في التحرير وعودة ملكه الشرعي محمد الخامس رحمه الله، زيادة على ما يلهبه من حماس في أتباعه وتلامذته وأصدقائه، وما يحبره من رسائل وطنية لأتباعه وفي مختلف الجرائد الوطنية داعيا إلى وجوب الكفاح لصالح الإستقلال...".
"وا أسفاه لفراقك أيها المسلم الصادق في إسلامه، والوارث للمثالية الإسلامية عن جده صلى الله عليه وسلم، والحافظ المحقق لأحاديثه رواية ودراية، والخبير لأسرار كتاب الله، والمتجرد في جميع الأغراض الشخصية والمعرض عن الشهوات النفسانية، والمحفوظ بإذن الله من وسوسة الشياطين، والمقبل على الله في كل وقت وحين، والمجبول على إعانة المستضعفين، والعطوف على الضعفاء والمساكين، ذلكم الصوفي الحق الذي يذكرني كلما زرته بأولياء الأمة المصلحين الكبار، أحفاد سيدنا علي بن أبي طالب الذين نوروا الكاظمية بقبورهم، وشرفوا تربتها بأعظمهم"...وغير ذلك يطول جدا..
